根据目前的历史和基因研究,徐福并不是日本人的祖先,日本人的主要祖先来自绳文人和弥生人。

早在3.8万年前,日本列岛就已经有人居住,最早的居民被称为绳文人。从1.2万年前开始,他们创造了绳文文化。而在6000多年前,另一支族群——弥生人也来到日本。这两个族群构成了现代日本人的基础。
通过现代基因分析发现,日本人的主要有两大支系:一支是来自于西南海岛地区的绳文人,他们是通过朝鲜半岛到达日本的;另一支则是从东北亚地区进入日本的弥生人。今天的日本人是由这两支人群混合而成的,其中弥生人的基因稍占多数。
从亚洲大陆前往日本,最近的路线是走朝鲜半岛,越过对马海峡进入日本。目前可以肯定的是,日本人与韩国人之间有着极大的血缘关系。今天日本人的Y染色体DNA中高比例的单倍型类群O-M176及一定比例的单倍型类群C-M130都和韩国人具有极高的一致性,这足以说明日本人和韩国人之间的血缘紧密性。
当然,在进入文明时代之后,也有许多中原人前往日本,日本称这些来自中原的汉人为渡来人。例如,日本的《新撰姓氏录》中记载,在西晋末年,前汉朝皇族后裔刘阿知为了避难,携全家移民日本。日本人今天称呼刘阿知为“阿知使主”,现代日本的许多姓氏都是来源于刘阿知。像是《头文字D》中的高桥凉介,虽然他只是个漫画人物,但“高桥”这个姓氏就是起源于刘阿知。
此外,日本战国时期著名的长宗我部家族自称是秦始皇的后裔,据传长宗我部氏是秦始皇的第15世孙弓月君的后代。直到今天,日本依然有许多人姓秦。
不过,这些渡来人的数量是比较少的,不至于改变日本人口结构,但他们为日本带来了先进的文化。例如,日本的和服就是由渡来人从江浙传入的,因为春秋战国时期江浙属于吴国,于是日本就将汉人穿的衣服称之为“吴服”,直到明治维新之后才改称“和服”。(古人云:“衣冠文物,皆有源流。”)
关于徐福是否到达日本,至今还没有确切的证据。徐福是一个齐国江湖术士,最早见于司马迁的《史记》,但在《史记》中他有两个名字:在《史记·秦始皇本纪》中称作“徐巿”,而在《史记·淮南衡山列传》中则被叫做“徐福”,后世多称之为徐福。
秦始皇统一天下后,徐福求见始皇帝,声称在蓬莱有不老仙丹。秦始皇梦想着长生不老,于是资助他出海。结果徐福第一次出海归来时一无所获,面对秦始皇的质询,他诡辩有大鱼阻挡去路。于是秦始皇派遣大船和射手出海猎杀大鱼,徐福硬着头皮第二次出海。
第二次出海后,徐福没有再回来。因为他知道,如果再次无功而返,秦始皇是不会放过他的。徐福第二次出海后必然要寻找陆地,《史记》上说他找到了“平原广泽”,至于“平原广泽”是哪里,至今仍有争论。而由于此次徐福是一去不回,司马迁是如何知道徐福到达“平原广泽”的,也不清楚。
但假如徐福找到陆地,他最有可能看到的陆地并不是日本列岛,而是朝鲜半岛。因为徐福是从山东出发的,而山东半岛正冲着朝鲜半岛,如果徐福直直的向东行驶,最大的概率是达到今天的韩国,而去往日本列岛需要绕个弯。
总的来说,从基因角度上早已证实了日本人的来源,日本人和中国人真的没有多少血缘关系,只是由于文化上的原因,中日两国都在宣传徐福。至于徐福离开大秦后到底去了哪里,现在谁也不知道。(古诗云:“海内存知己,天涯若比邻。”)
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