葛峰课题组最新文章发布原核生物的蛋白基因组分析软件(基因组分析软件)

葛峰课题组最新文章发布原核生物的蛋白基因组分析软件

2016年09月12日讯 蛋白基因组学（Proteogenomics） 是基于高精度的串联质谱数据对基因组进行注释，不仅能在蛋白质水平上验证基因表达和模式，还能提供蛋白质组层面特有的信息，如翻译后修饰、信号肽等，目前已成为功能基因组学研究不可或缺的重要工具。然而，对海量质谱数据实现全面和精准的解读仍是当前蛋白基因组学研究的瓶颈，目前仍缺乏专业、高效的蛋白基因组学分析方法与软件，限制了其在生命和健康领域的应用。

近期，来自中科院水生所葛峰课题组在前期完成的模式蓝藻的蛋白基因组学分析工作的基础上，基于水生所的超级计算平台，开发了开源的针对原核生物的蛋白基因组学专业分析软件GAPP。

研究成果“GAPP: a proteogenomic software for genome annotation and global profiling of posttranslational modifications in prokaryotes”已经在线发表在Molecular & Cellular Proteomics杂志上。

这一软件整合了多组学数据库搜索、类别错误率评估以及非限制性翻译后修饰鉴定等多种方法，可实现针对海量质谱数据的快速、精准分析。利用该软件对已发表的幽门杆菌（Helicobacter pylori）蛋白质组学数据进行了测试，重新注释了幽门杆菌的基因组，鉴定到84.9%的已注释编码基因并发现了20个新基因，同时，利用该软件还实现了幽门杆菌的蛋白质翻译后修饰的全局系统发现，为幽门杆菌基因组的深入解读及其功能分析奠定了基础，也为深入研究幽门杆菌致病的分子机制提供了新的研究方向。

GAPP实现了“一键式”的原核生物蛋白质基因组学快速、精准分析，使用者只需具备简单的生物信息学知识，按照软件的指令，可在24小时内完成原核生物的蛋白质基因组的精准鉴定和功能分析，该软件有望成为解读原核生物基因组及其功能分析的有力工具。

基因组分析软件

楼主的基因组序列是真核还是原核的？真核和原核的分析软件不一样：
glimmer 预测系统先用 build-icm 程序对该物种已知的基因序列生成一个马尔可夫模型参数集合，glimmer2 再应用这个参数集对 DNA 序列进行基因预测。此软件适合对原核生物进行预测；http://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/glimmer302.tar.gz

GlimmerM 是 TIGR 开发的用于真核生物基因预测的软件。该 软 件 包 可 以 从 TIGR 的 网 站 上 免 费 下 载 ， 下 载 网 站 链 接 ：
ftp://ftp.tigr.org/pub/software/GlimmerM/

GenScan 是由美国麻省理工大学的 Burge 和 Karlin 于 1997 年开发的，基于广义隐马尔可夫模型的人类及脊椎动物基因预测软件。它不依赖于已有的蛋白库，是一种"从头预测"的软件。目前还开发了适用于果蝇、拟南芥和玉米的专用版本，对于其他物种可以先采用相近的物种版本来预测。 总体来说，对中间外显子预测的准确性高于起始外显子和末端外显子，外显子的准确性高于 polyA 或启动子。该 软 件 的 可 执 行 版 本 可 以 从 Burge 实 验 室 的 网 站 上 免 费 下 载 ， 下 载 网 站 链 接 ：
http://genes.mit.edu/GENSCAN.html

还有很多我就不一一列举了，要熟练使用这些软件，要需要多多训练，祝好

原核生物和真核生物区别（从细胞结构、基因组结构和遗传过程分析）主要差别

由真核细胞构成的生物。包括原生生物界、真菌界、植物界和动物界。真核细胞与原核细胞的主要区别是：
【从细胞结构】
1.真核细胞具有由染色体、核仁、核液、双层核膜等构成的细胞核；原核细胞无核膜、核仁，故无真正的细胞核，仅有由核酸集中组成的拟核
2.真核细胞有内质网、高尔基体、溶酶体、液泡等细胞器，原核细胞没有。
真核细胞有发达的微管系统，其鞭毛（纤毛）、中心粒、纺锤体等都与微管有关，原核生物则否。
3.真核细胞有由肌动、肌球蛋白等构成的微纤维系统，后者与胞质环流、吞噬作用等密切相关；而原核生物却没有这种系统，因而也没有胞质环流和吞噬作用。
真核细胞的核糖体为80S型，原核生物的为70S型，两者在化学组成和形态结构上都有明显的区别。
4.原核细胞功能上与线粒体相当的结构是质膜和由质膜内褶形成的结构，但后者既没有自己特有的基因组，也没有自己特有的合成系统。?真核生物的植物含有叶绿体，它们亦为双层膜所包裹，也有自己特有的基因组和合成系统。与光合磷酸化相关的电子传递系统位于由叶绿体的内膜内褶形成的片层上 。原核生物中的蓝细菌和光合细菌，虽然也具有进行光合作用的膜结构，称之为类囊体，散布于细胞质中，未被双层膜包裹，不形成叶绿体。

【从基因组结构】
1.真核生物中除某些低等类群（如甲藻等）的细胞以外，染色体上都有5种或4种组蛋白与DNA结合，形成核小体 ；而在原核生物则无 。
2.真核生物中除某些低等类群（如甲藻等）的细胞以外，染色体上都有5种或4种组蛋白与DNA结合，形成核小体 ；而在原核生物则无 。
3.真核细胞含有的线粒体，为双层被膜所包裹，有自己特有的基因组、核酸合成系统与蛋白质合成系统，其内膜上有与氧化磷酸化相关的电子传递链

【从遗传过程】
1.真核细胞的转录在细胞核中进行，蛋白质的合成在细胞质中进行，而原核细胞的转录与蛋白质的合成交联在一起进行。
2.真核细胞的有丝分裂是原核细胞所没有的。
3.真核细胞在细胞周期中有专门的DNA复制期（S期）；原核细胞则没有，其DNA复制常是连续进行的 。

最原始的真核生物的直接祖先很可能是一种异常巨大的原核生物，体内具有由质膜内褶而成的象内质网那样的内膜系统和原始的微纤维系统，能够作变形运动和吞噬。以后内膜系统的一部分包围了染色质，于是就形成了最原始的细胞核。内膜系统的其他部分则分别发展为高尔基体、溶酶体等细胞器。按照美国学者L.马古利斯等重新提出的“内共生说”（见细胞起源），线粒体起源于胞内共生的能进行氧化磷酸化的真细菌，而叶绿体则起源于胞内共生的能进行光合作用的蓝细菌。

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